Да, надо. ККТ применяйте, если покупатель оплачивает товар дистанционно:
платежной картой (например, через сайт продавца). Продавец заключил договор на прием оплаты с карты непосредственно с банком;
через платежный сервис специальной организации, которая не является платежным агентом. Например, «Яндекс.Касса», когда сервер Яндекса выступает как оператор услуг платежной инфраструктуры;
через электронные кошельки, например, «Яндекс.Деньги», Qiwi и т. д.
При этом чек направляется в электронном виде на абонентский номер покупателя или на адрес электронной почты в момент расчета. Для таких расчетов существует специальная ККТ, которая позволяет автоматизировать учет расчетов и формировать чеки без участия продавца. Это следует из абз.2 ч.1 ст.4.3, п.9 ст.2 Закона от 22.05.2003 № 54-ФЗ. Подтверждают это и сотрудники ФНС в своих частных разъяснениях.
Важно: при расчетах через интернет применяйте ККТ и формируйте чеки вне зависимости от местонахождения и гражданства покупателя. Также обязанность формировать чек не зависит от того, предоставил ли покупатель адрес электронной почты или абонентский номер для отправки чека (письмо Минфина от 19.04.2018 № 03-01-15/26522).
Если покупатель рассчитался через интернет электронными средствами платежа, ККТ применяйте в момент, когда получили подтверждение об исполнении перевода денег (письма Минфина от 28.09.2017 № 03-01-15/63180, от 15.09.2017 № 03-01-15/59701, от 16.06.2017 № 03-01-15/37703).
С 01.07.2019 нужно будет применять ККТ, если покупатель оплачивает товар дистанционно через банк по счету, квитанции или платежному поручению без карты (п. 4 ст. 4 Закона от 03.07.2018 № 192-ФЗ).