В данном случае, к сожалению, требования законодательства никто не отменит. По закону четко сказано, что при расчетах ЭЦП надо применять ККТ. Если Ваша ККТ не может поддержать обособленное выделение данных платежей (что требуется для учета, например на отдельную секцию), то Вам все равно необходимо ее применять, даже с учетом имеющейся специфики. Единственное, что я могу Вам посоветовать (кроме смены модели ККТ), разработать внутренний регистр (уже на бумажном носителе), в котором в конце смены выручка ККТ будет отражаться обособлено по направлениям. Для основы можно взять формы КМ-9.